En 1966, ayudó a fundar la Santana Blues Band, acortándolo luego a Santana. El grupo empezó a tocar en The Fillmore West, donde muchas de las bandas legendarias de San Francisco tocaban, con el espectáculo estreno del conjunto de Santana Blues. Su primera grabación fue "The Live Adventures of Mike Bloomfield and Al Kooper" (Las Aventuras en Vivo de Mike Bloomfield y Al Kooper) con Al Kooper y Mike Bloomfield.
Durante los siguientes dos años, el conjunto estaban envueltos por una onda de popularidad que les llevó desde las plataformas de Fillmore West en San Francisco a su estreno histórico en el Festival de Woodstock, el Sábado 16 de agosto de 1969.
